冷凝器清洗分为物理清洗和化学清洗，物理清洗一般用高压水射流将冷凝器铜管的泥垢清理出来；如果结垢为硬质水垢，应进行化学清洗，物理方式无法将水垢除去。为了使冷凝器在优化状态下运行，就必须对冷凝器进行专门的化学药物处理，清除水垢、锈蚀、粘泥、杀菌和防腐蚀处理，还原成清洁的金属表面。
清洗方法如下：

    1、将冷却水进出冷凝器的阀门关紧，利用温度计管、压力表管或排污管连接防腐泵、配液箱做成小循环系统，循环清洗。

    2、先加入酸洗缓蚀剂，此药剂为专用铜缓蚀剂，它附着在冷凝器金属内壁上，防止酸和金属发生反应。

    3、加入固体酸洗清洗剂，用于清洗碳酸钙垢为主要成份的水垢，清洗剂是复合固体有机酸，白色晶体，对金属的无腐蚀性，为弱酸；清洗剂用量按设备结垢量而定。

    4、加入泥垢剥离剂（可选），如果冷凝器设备结垢较厚时，需要添加泥垢剥离剂，促进水垢反应后的生成物快速溶于水，加快深层水垢反应

    5、加入中和钝化剂，在冷凝器进行化学清洗后，中化残酸，防止金属表面氧化而生成二次浮锈。